1990年，在香港出生、于台湾国立政治大学经济学系毕业的邱立本到《亚洲周刊》应聘，他的名字首次出现在1990年11月25期的《亚洲周刊》上，职务是主笔。工作三年后，邱立本于1993年升为主责编辑。在此之前，《亚洲周刊》的主责编辑一直是康荣，但增加了助理主责编辑黎廷瑶。1990年，《亚洲周刊》首次出现华侨背景的资深编辑潘友来及中国大陆背景的执行编辑曹景行；同年邱立本从美国回到香港加入中文《亚洲周刊》，1993年邱立本成为总编辑至今。
1990年前，《亚洲周刊》的编辑人员以香港本地人士为主，如康荣、崔少明、林和立、何良懋、黎廷瑶等。1990年以后，编辑队伍内除了有香港本地，还有来自台湾、中国大陆、澳门、东南亚等地的编辑；作者队伍也日益多元化，在几个主要国家和地区均设有特派员，特派员通常是对当地情况比较了解的华人。
1990年，时代公司与华纳传播合并为时代华纳。1994年2月，奥尼尔离开《亚洲周刊（英文版）》的那一年，明报集团与时代华纳达成收购《亚洲周刊》协议，明报集团拥有《亚洲周刊》控制权；当时明报集团由香港商人于品海控股。1994年3月13日的《亚洲周刊》，宣布《亚洲周刊》的持有人变更为明报集团成员公司“明报杂志有限公司”，总编辑是邱立本，副总编辑是曹景行；至此，《亚洲周刊》股权由外资转移到华资手上，而总部亦在1994年12月迁往柴湾嘉业街18号明报工业中心。
1995年10月，于品海由于被揭发早年在加拿大触犯法律留有案底，被迫辞去明报集团董事长一职，并将手中明报集团股份出售予马来西亚富商张晓卿拥有的常青集团；张晓卿控股明报集团至今。
1996年10月28日出版的《亚洲周刊》第43期，以封面文章报道《国民党捐给白宫1500万元？台湾卷入美政治献金丑闻》，[2][3]作者是该刊台湾编采中心资深编辑谢忠良和美国特约记者陈婉莹。内文提及中国国民党投资事业管理委员会主任委员刘泰英在1995年8月与前美国总统特别助理马克·密道顿见面时，曾提出愿捐献1500万美元给美国总统克林顿竞选连任。报导刊出后，刘泰英认为妨害名誉，提出控告，要求赔偿1500万美元；当时与刘泰英关系密切的中华民国总统兼中国国民党主席李登辉随即以强硬措词公开支持这一控告。官司于1995年12月7日首次开庭，这一官司在国际新闻界引起了强烈反响。美国“调查报道记者及编辑协会”（IRE）致函李登辉，抗议对《亚洲周刊》记者提出刑事诽谤，指出李登辉政府支持这宗诉讼案对台湾带来的名誉损失将远比有关报导造成的影响更大。保护记者委员会亦发表致李登辉的抗议信，谴责这一诉讼案违反联合国《世界人权宣言》，要求李登辉政府确保官方及国民党的资源不会用来支持此案。美国《纽约时报》发表文章批评，有关诉讼是企图以恫吓来控制媒体，极不明智。数十位来自世界各地的新闻从业人员和学者，在互联网上签署致李登辉的联名信，指责有关诉讼是对所有独立报导的打击，要求立即撤销对两位记者的控告。1997年4月22日，台北地方法院经过4个多月的审理，认为媒体确从多位相关人士进行查证后才报导，即便报导与事实不符，也属“对可受公评之事，而为适当评议”，故宣判《亚洲周刊》三被告无罪，成为中华民国宪法上的重要判例。2018年4月27日，中华民国国家通讯传播委员会主任委员詹婷怡接受ETtoday新闻云专访时表示，她就是当时《亚洲周刊》的辩护律师。[4]
1998年，《亚洲周刊》网站成立。2008年7月10日北京奥运前夕，包括《亚洲周刊》在内的许多境外媒体网站被防火长城解封，中国大陆网民可以暂时直接登录。
2001年3月，香港富商李嘉诚儿子李泽楷旗下的Tom.com宣布以6,000万港元现金收购《亚洲周刊》5成股份；Tom.com表示，希望进一步拓展《亚洲周刊》市场，特别是争取增加中国大陆的订阅量，目标是令《亚洲周刊》突破传统杂志范畴，成为一个提供全球新闻报导、商业信息科技研究以及公司评级等服务的权威多媒体中文平台。五年后，Tom.com尚未达至上述目标。2006年3月，明报集团以发行新股方式向Tom.com购回《亚洲周刊》五成股权，明报集团共发行1,200万新股（相当于作价1,620万港元）给TOM集团，明报集团持有《亚洲周刊》的全部股权；对于此次股份转移，双方都没有透露原因。
2004年，《亚洲周刊》以《广州媒体的冬天》为封面专题，独家调查报导《南方都市报》总编辑程益中、总经理喻华峰被诬陷案，使程益中被释放。《亚洲周刊》也因此报道获得亚洲出版业协会（SOPA）“亚洲杰出编辑奖”。
2007年4月23日，张晓卿旗下的明报集团与马来西亚星洲集团、南洋商报集团签署协议正式合并，对外统称为明报集团，《亚洲周刊》是新的明报集团的一员。2008年4月，香港的明报企业集团、马来西亚的星洲媒体及南洋报业合并成世界华文媒体，《亚洲周刊》成为世界华文媒体的一员。
2011年，曾经与中国共产党前副国级领导人、中共重庆市委书记薄熙来关系密切的张晓卿召集旗下的“世界华文媒体合作联盟”在重庆举行大会，邀集600多名中外华文媒体人与薄熙来同台唱红歌。另外，《亚洲周刊》是率先提出“重庆模式”概念的媒体。薄熙来找人为他出版《重庆模式》一书时，是由《亚洲周刊》特派员纪硕鸣、主编邱立本为该书撰写推荐词，赞场“重庆模式是中国经济改革的希望”。薄熙来失势后，张晓卿转向支持习近平，批评薄熙来与妻子谷开来“践踏法治”和“开时代倒车”。[5][6]
2014年浙江强拆十字架运动，[7][8]2018年深圳佳士工运，[9][10]《亚洲周刊》长期追踪报导；浙江强拆十字架运动报导刊发以后，《浙江日报》连续七天刊发针对《亚洲周刊》的评论。
2014年9月至2016年3月间，《亚洲周刊》列出数幅作者是王锦松的讽刺漫画，分别题为“习近平指挥下的中国媒体”、“习近平裁军”和“习近平以邓小平为师”等，美国之音认为，这些漫画似乎隐晦地暗讽在习近平的主政下，新闻和言论自由被箝制、独裁专制、且不受外国元首待见的领导风格和处境。[11]
2018年，《亚洲周刊》评选华为创办人兼行政总裁任正非为亚洲周刊年度风云人物，称他创办的华为在5G方面取得突破，被视为对美国霸权的挑战，成为中美博弈的前沿。[12]同年5月，《亚洲周刊》称：“习近平被视为‘中国特色大国外交的总设计师’，‘习式外交’布局深化，元首外交、党际外交等组合拳精彩纷呈。”[11]
2014年，《发现》周刊称《亚洲周刊》与中国政府关系良好，在香港事务上也采取亲共立场。[13]2020年，《立场新闻》评论称，其批判独裁统治、声援中国大陆民运以及推崇普世价值的立场已经改变。[14][15]
2020年，《亚洲周刊》的报导内容包括追踪中国公民记者消失事件[16]、批评中国芯企烂尾及内蒙古民族融和纠结[17][18]及对香港职业训练及香港社会的批评。[19][20]2020年10月，该刊解释“习近平南下广东考察研究...给深圳提供了比直辖市议会的施政空间，为深圳改革开放再出发赋能”，“习近平抗疫成功，必然升至新高”。11月，该刊形容将任美国总统的拜登和习近平有“独特的缘分”。[11]
2021年5月，亚洲周刊两篇封面故事“台湾民选独裁幕后 绿营新威权主义现象”、“内蒙民族融和纠结 大熔炉模式掀风暴”入选素有“亚洲普立兹奖”的亚洲出版协会（Society of Publishers in Asia，SOPA）举办的“卓越新闻奖”的“卓越评论奖”（Excellence in Opinion Writing）。[21]